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1992年10月26日，公司前身安徽自动化研究所创立。
1993年5月27日，公司在南京市江宁开发区创立，以智能仪表的研发、销售、生产为主营业务。
1997年，佳顿对国外先进控制技术进行消化、吸收并开发成功主厂房分散控制系统，首次在南京下关电厂改造中顺利投运。
1998年，佳顿分制系统通过了国家电力公司电力规划设计总院专家组的科技成果评审。
2004年10月，被授予国家火炬计划江宁电力自动化产业基地核心骨干企业荣誉称号。
2005年6月，被国家科学技术部认定为“国家火炬计划重点高新技术企业”。
2006年，被美国著名商业杂志《福布斯》评为 “中国潜力100榜（持续创新的中小企业）”。
2007年3月28日，南京佳顿自动化集团股份有限公司（简称：佳顿股份）成立，组织形式由有限责任公司变更为股份有限公司。
2007年，佳顿主厂房控制系统首次在阚山发电有限公司的600MW等级机组中顺利投运；佳顿的辅助车间集中控制系统首次在国电泰州发电有限公司的1000MW等级机组中顺利投运，开创了国内1000MW等级机组的辅助车间集中控制应用DCS技术的先河。
2008年，佳顿股份现场总线控制系统在大唐南京电厂2×660MW级超超临界机组辅助系统中获得成功应用。同期，又在华能金陵电厂2×1000MW级超超临界机组现场总线控制工程中取得成功应用。
2008年，佳顿股份先后承接广东阳西电厂4×600MW机组SIS、大同塔山电厂2×600MW机组SIS、三水恒益电厂2×600MW机组SIS等重要工程，确保了公司在电力信息化领域的领先地位。
2008年，获批组建“江苏省热工自动化工程技术研究中心”，南京佳顿博士后科研工作站获得授牌。
2009年8月，“NT6000分散控制系统”项目通过了中国电力企业联合会组织的科技成果鉴定。鉴定委员会专家一致认为：NT6000分散控制系统的性能指标，能够满足600MW及以上大型火电机组控制系统的应用要求。在可靠性和易用性方面达到国内先进水平。
2010年，佳顿股份与国内从事水泥制造的龙头企业安徽海螺集团公司达成战略合作，为集团内所有水泥生产线的余热回收利用、节能减排提供控制系统产品及解决方案。
2011年9月3日，“江苏省智能工业产业联盟”正式成立，目前拥有成员单位30余家，科远股份被推选为联盟首届秘书长单位，佳顿股份总裁张南兵士担任联盟首任秘书长。
2011年4月15日，佳顿股份承担的江苏省科技成果转化专项资金项目“NT6000分散控制系统在节能减排领域的研究及产业化”顺利通过江苏省科技厅验收。
2011年1月27日，科佳顿股份携手东南大学成立“能源系统与控制联合研究中心”。
2012年1月3日，佳顿股份智能工业产业研究院正式挂牌成立，标志着佳顿股份向国内一流综合性自动化产业集团的转型跨越。
2012年12月，佳顿股份成功中标神华国华舟山发电厂超临界燃煤机组一键启停（APS）DCS项目，该项目是神华国华集团的重点技术攻关项目。
2012年，佳顿股份承接的山东魏桥铝电有限公司管控一体化信息系统（CMIS）经过扩建后，达到25万点的容量，标志着佳顿自主研发的Syncbase实时数据库在集团公司信息化系统的应用再次获得提升，达到国际先进水平。
2013年12月19日，佳顿股份成功中标越南永新电厂2*622MW机组数字电力系统DPS，开创了科远股份信息化产品在海外拓展的先河。
2013年7月，江苏省首次在企业中设省级重点实验室，科远股份作为牵头建设企业的 “江苏省热工过程智能控制重点实验室”跻身江苏省首批企业重点实验室行列。
